Organem decyzyjnym Fundacji jest Zarząd powoływany przez Radę Fundacji stanowiącą jej organ nadzorczo - kontrolny.

Członków Rady Fundacji powołuje Minister Skarbu Państwa w uzgodnieniu z Sekretarzem Komitetu Integracji Europejskiej i właściwym ministrem.

Władze Fundacji 'Fundusz Współpracy".